En la naturaleza, los lagos y los ríos contienen dióxido de carbono en concentraciones inferiores a 10 mg/l (o ppm) pero el agua estancada o contaminada puede contener concentraciones superiores por la descomposicón orgánica. Esto crea un problema en las piscifactorías. Se añade dióxido de carbono al agua durante la fase final del proceso de purificación. En los procesos de ablandamiento del agua se debe mantener el dióxido de carbono a un cierto nivel para evitar la corrosión.